Em Nukitashi, acompanhamos a história de Junnosuke, um rapaz que volta a viver em Seiran Island com sua irmã após a morte dos seus pais. Porém, o lugar existe sob a tirania de uma lei pervertida que moldou a ilha ao longo dos anos como um paraíso do turismo sexual. O protagonista e sua irmã reúnem um pequeno grupo de indivíduos marginalizados para acabar com essa situação de uma vez por todas e permitir que as pessoas possam viver de uma forma menos promíscua.
A sequência transporta o protagonista e outros personagens para um universo paralelono qual outra versão dele se aliou às líderes da FS que mantêm as leis da ilha. Continuações das rotas originais também fazem parte do jogo.
