Secret Agent conta a história de Mikage Jin, um rapaz descendente de uma linhagem de ninjas. Embora jovem, ele já trabalha para o governo japonês como parte da segurança nacional e recebe a missão de se infiltrar na Academia Touka para descobrir a verdade por trás de uma série de incidentes causados por alguém que se auto-intitula "Bat".
Embora consiga se infiltrar com sucesso na Academia sem levantar suspeitas, um erro fatal faz com que uma das suas colegas de classe descubra a verdade. Porém, essa colega lhe faz um pedido inesperado: ela quer aprender como ser uma ninja também. Talvez se aproximando ainda mais dela ele ainda consiga manter o segredo por mais tempo.
