Amazing Grace conta a história de Shuu, um rapaz que acordou sem memórias em uma cidade coberta de neve. Ajudado pelos moradores locais, ele foi integrado à lista de estudantes da St. Aria Academy e vivia tranquilamente até um incidente no dia 25 de dezembro destruir quase toda a cidade.
Com a ajuda de Yune, ele volta no tempo para o dia 2 de dezembro para tentar evitar essa crise, porém nada do que eles façam muda o destino. Agora em um loop infinito, Shuu terá que entender os mistérios que rondam a cidade e porque apenas esses dias podem ser repetidos.
