The Chrono Jotter conta a história de Ran Ibuki, uma garota do ensino médio que passou anos procurando sua namorada desaparecida, Ann Sakura, até um dia encontrá-la. Infelizmente, a reunião não é tão agradável, já que uma série de assassinatos tem ocorrido na escola e caberá a Ran se esforçar para que as duas possam sair vivas do lugar.
Após despertar a capacidade de viajar para o passado, encontrar pistas e alterar os eventos, Ran terá a chance de lutar, mas terá que manter seus segredos bem guardados.
