Amairo Chocolate 2 conta a história de como o jovem Yuzuki encontra uma garota perdida e a ajuda a encontrar a loja em que sua irmã trabalha. Após chegar ao local, ele percebe que as duas têm orelhas de coelhinho. Esse encontro marca o início do rapaz ajudando as duas ao mesmo tempo em que trabalha em uma loja de bolos chamada Sweet Tail.
