O conceito de adicionar co-op na franquia de RPGs de ação foi utilizado também em Ys VIII: Lacrimosa of Dana. Porém, a PH3, empresa de Peter "Durante" Thoman, revelou que o funcionamento do modo co-op de Ys IX é um pouco diferente, tendo em vista que ambos os jogadores tenham o mesmo nível de privilégio na exploração. Apenas os menus e o mapa são restritos ao Player 1.
O co-op ainda está em fase experimental e é importante ter cuidado para evitar situações de softlock. Ambos os jogadores podem usar quaisquer personagens que estejam presentes na party, sendo possível co-op em qualquer momento da história que não tenha apenas um personagem jogável. São necessários dois controles e ambos os jogadores controlam a câmera, sendo um equilíbrio que pode ser complicado em algumas circunstâncias.
Fonte: NIS America (Youtube), PH3 (changelog na página do Steam)
